En 1998, las autoridades de la Universidad de El Salvador suscribieron un convenio con el Gobierno Español destinado al desarrollo de facilidades de infraestructura y equipamiento para promover la investigación en el área de las ciencias de la salud.

En julio de 2000, la Dra. María Isabel Rodríguez, rectora de la Universidad de El Salvador, discutió en España con funcionarios del grupo Anaya (DISTESA-Tecnología Educativa), representantes del gobierno Español, la factibilidad y orientación del proyecto.

En noviembre de ese mismo año la Asamblea Legislativa de El Salvador aprobó, a instancias de la Rectoría, el préstamo de 7 millones de dólares otorgado por el Gobierno de España para la reconstrucción del edificio destruido por el terremoto de 1986, y su equipamiento para albergar Centro de Investigación y Desarrollo en Salud (CENSALUD).

La inauguración del Centro el 24 de febrero de 2003, representa un esfuerzo importante de la Universidad de El Salvador, de crear con la cooperación del Gobierno de España, las facilidades de infraestructura física y equipamiento adecuado para iniciar el desarrollo científico en la institución.

El desarrollo de investigación científica y tecnológica, por tanto, representa una oportunidad y un nuevo reto para la Universidad de El Salvador. En ésta época de la globalización lo más fundamental para competir en especial para los países en desarrollo, será la capacidad que posean para incorporarse efectivamente al desarrollo científico y tecnológico.

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